上海系统科学研究院成立于2005年1月。由中国科学院系统科学研究所和上海理工大学联合组建。中国科学院院士郭雷自成立至2021年4月担任院长。2021年5月起由时任上海理工大学党委副书记顾春华担任院长。

研究院旨在联系有志于系统科学与系统工程学科建设的学者和教学、研究人员，以“小实体、大网络”模式开展学术活动，推动我国系统科学与系统工程学科建设的发展。

自成立以来，围绕复杂网络、系统生物学、规范场的普适意义等系统科学与工程领域的前沿理论与创新方法，积极开展相关研究与应用；深入弘扬钱学森系统科学思想；广泛调研国内外系统科学与系统工程的发展现状与未来趋势，并在此基础上组织开展了形式多样的学术交流与专题研讨活动。主办了：全国复杂网络研讨班、第三届全国复杂网络学术会议、复杂系统研究与系统生物学论坛、首届复杂性科学：理论与应用国际会议、自组织理论和非线性系统动力学示范课、钱学森系统科学思想报告会、2010年系统科学学科建设研讨会、2016年系统科学学科建设研讨会、系统科学与社会治理研讨会、第一至第九届中国系统科学大会、第一至第三届中国系统科学前沿论坛。编辑出版了《复杂网络》《复杂网络理论与应用研究》《钱学森系统科学思想研究》《系统科学与系统工程学科发展报告》。