上海系统科学研究院成立于2005年1月。由中国科学院系统科学研究所、上海理工大学、北京师范大学联合组建。中科院院士郭雷自成立至2021年4月担任院长。2021年5月起由上海理工大学党委副书记顾春华担任院长。

研究院旨在联系有志于系统科学与系统工程学科建设的学者和教学、研究人员，以“小实体、大网络”模式开展学术活动，推动我国系统科学与系统工程学科建设的发展。

成立以来，围绕复杂网络、系统生物学、规范场普适意义研究等系统科学与工程的新理论、新方法的研究应用；弘扬钱学森系统科学思想；调研国内外系统科学与系统工程发展状况和趋势等方面开展了广泛的学术交流和研讨。主办了：第一至第七届中国系统科学大会、第一届复杂性科学国际会议、第三届全国复杂网络学术会议、复杂系统研究与系统生物学论坛、全国复杂网络研讨班、自组织理论和非线性系统动力学示范课、钱学森系统科学思想报告会、2010年系统科学学科建设研讨会、2016年系统科学学科建设研讨会、系统科学与社会治理研讨会。编辑出版了《复杂网络》、《复杂网络理论与应用研究》、《钱学森系统科学思想研究》、《系统科学与系统工程学科发展报告》。