中国科学院系统科学研究所成立于1979年10月。在著名科学家关肇直、吴文俊、许国志等老一辈科学家的倡导下，由原数学研究所控制论、运筹图论、统计、基础数学等方面的科研人员，组建了中国科学院系统科学研究所，首任所长是关肇直院士，继任所长成平研究员、陈翰馥院士、郭雷院士，高小山研究员，现任所长张纪峰研究员。
系统科学研究所是基础型研究所，具有学科多、研究领域广的特点，主要从事系统科学和与系统科学有关的数学及交叉学科的基础研究和应用基础研究，系统科学研究所的成立，为我国系统科学的发展起到了积极的推动作用。
